普陀区地处长江入海口三角洲地区，属长江水系吴淞江流域，水流丰富。普陀区有大小河道等45条，长征、桃浦乡划入普陀区有大小河道、湖泊及其他水体104条（个），其中骨干河道22条，较大人工湖2个，一般河道及湖泊、水体80条个，水面积达272.2万平方米。
普陀区为长江三角洲感潮河网区，水域属吴淞江流域的水系。古代吴淞江称松江，源于太湖，是独流入海自成水系的宽阔大江，在明代治理中，改道黄浦江入海，始从属黄浦江水系。
吴淞江两岸支河众多，区境是该江下游支河最密集的地区。从河道分布来看，可划分为3个区域：一是虬江北岸，自东向西有彭越浦、新港、赵浦（亦称夏长浦）、桃浦、双浦等较大支河，水流均自北向南流入虬江。二是虬江与吴淞江之间连接的河道，自东向西有徐公浦北段、太浜、沙洪浜、林家港、木渎港、达长浜、蔡家浜、王民港、张家浜、西浜等，水流均自北南流，并引虬江水汇入吴淞江，其中部分河道原是今吴淞江南岸支河的北段。三是吴淞江南岸有徐公浦、东芦浦、草长浦、西芦浦等，水流多自南向北流汇人吴淞江。各支河之间，又多人工开凿的分支河浜；大部分村落傍水而聚，并开掘环村小浜，为密集的河网组成部分。
主要河道：
吴淞江：习称苏州河，是黄浦江的最大支流，系上海市第二大河，全长125千米。下游一般河宽50—70米，河底宽仅20—30米，河底高程0－3米；水流平缓，每日受2次潮汐影响，潮流可上达黄渡附近，上游下来的清水流量每天约86万立方米，江口每天最大进潮量约为110余万立方米。可通航60~100吨级船只。
虬江：是吴淞江下游故道，自宋代以后，由于海潮侵蚀，泥沙淤积，河宽递减，下游水涝灾害严重。明代中叶，开凿新渠引吴淞江水经宋家浜流人黄浦江，自此西起黄渡、东至入海口的吴淞江下游故道乃称旧江，习称虬江。桃浦以西河段，尚有通航功能，在1981年更名为西虬江。其中东起木渎港，西至中槎浦河段，为八级航道，全长5.8千米，河面宽13~14米，河底宽4~8米，标高+1.0米，枯水水深0.88米，高水水深2.83米，船载吨位10吨。
彭越浦：南段位于境内东部，北段在闸北区境内。南段原为虬江河段，20世纪初，因辟筑铁路，下游阻断，遂并入彭越浦。总长7.745千米，境内河段长1.3千米，河面宽15~25米，底宽3~6米，水深：枯水1.5~2.0米，高水2.5~3.0米上下，水流平稳，全河能通航，为八级航道，船载吨位为10~20吨。除航运外，与其支河构成排涝系统，在流入吴淞江的河口处，有节制闸1座，控制海潮倒灌。
木渎港：位于境内西南部，长风新村街道境内。是吴淞江连接虬江的支河，与1970年新开凿的新开河汇交于虬江。是西虬江、新开河贯连吴淞江航道的捷径。该河流经区境北新泾工业区，有水运之便。河长2.1千米，河面宽17—25米，河底宽7—10米，枯水时水深1.30米，高水时水深3.30米，河底标高+0.5米，全部通航，为八级航道，船载吨位为15吨。
新开河：又名曹杨河、朝阳河，位于境内西部与西北部，曹安路街道和真如镇境内，北段在嘉定县境内。60年代，桃浦日益淤浅，为改善沪西航运和排灌设施，于1970年利用双浦、小浦等河道加宽取直，开凿而成。该河北接秦公浦等支河，南连西虬江，全长3.2千米，河宽15—18米，水深1.3—2.0米左右，水流平缓，仍有排涝和运输的作用。因与西虬江相连，水质污染不洁，在连接虬江处有水闸1座。
桃浦：位于境内西部和西北部，北段在嘉定县东南部，南段纵贯真如镇和曹安路街道，北接走马塘，南达虬江，经木渎港，通连吴淞江，古代曾是吴淞江36纵浦之一，亦称桃树浦、桃溪，是真如镇的最大干河。该河与梨园浜相交处是真如镇的中心区，昔时真如镇的兴盛与发展，该河起过重要的作用。今该河受吴淞江污水倒灌等原因，河床日渐淤浅，河水严重污染，虽经多次浚治，未见好转，今已不能通航，仅通行小木船、水泥船，运送蔬菜、废品、垃圾等。全河长7.517千米，河宽15~25米，水深1.5米左右。